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Obwohl der See als der älteste, kontinuierlich existierende See Europas gilt, ist sein Alter und Ursprung noch nicht vollständig geklärt. Altersschätzungen variieren zwischen ein und zehn Millionen Jahre mit einem Schwerpunkt zwischen zwei und drei Millionen Jahren, und sowohl marine und limnische Herkunft wird vorgeschlagen. Erhaltene sedimentäre Aufzeichnungen überspannen den letzten Gletscher-Interglazial-Zyklus (ca. 130.000 Jahre) und zeigen, dass der Ohridsee ein wertvolles Archiv vulkanischer Ascheverbreitung, tektonischer Aktivität und Klimawandel im zentralen Mittelmeerraum ist.